Poslední vlak s civilním obyvatelstvem projel po trati 518e dne 8. dubna 1945. Následující den, 9. 4. 1945 převzala vedení stanic německá branná moc. Úplně posledním vlakem, který po trati projel z Velkých Pavlovic na Zaječí, byl dne 14. 4. vojenský vlak č. 9882.
V žst. Hodonín zničila ustupující německá armáda pomocí výbušnin veškeré výhybkové výměny, most přes Kyjovku a budovu vodárny. V odpoledních a večerních hodinách 12. 4. 1945 byl, jako první jihomoravské město, Hodonín osvobozen.
Obec Mutěnice, jako i železniční stanice, byla osvobozena Rudou armádou v noci ze 14. na 15. dubna 1945. Před tím německá vojska zničila všechny mosty na trati Hodonín-Mutěnice-Dubňany a na mnoha místech trati Mutěnice – Čejč poškodila koleje v celkovém úseku 3 km (vždy ve spoji). Ve stanici Mutěnice zničila všechny výměny, vyhodila nákladní rampu, zapálila skladiště traťové správy.
Ve stanici Čejč, nestačila ustupující německá armáda díky rychlému postupu Rudé armády, která do prostoru stanice vstoupila 15. dubna v zhruba v 12 hodin a 15 minut, odpálit žádnou z připravených náloží a stanice tak byla v podstatě nepoškozena.
Ve stanici Ždánice byly zničeny všechny výměny a dopravní koleje, skladištní nakládací rampa, skladiště materiálu traťmistra a výtopna. Pouze velkým přičiněním přednosty stanice Josefa Kolmana (během únorových událostí r. 1948 byl při „vyřizování účtů“ obviněn akčním výborem zaměstnanců žst. Čejč z udávání spolupracovníku v době II. Světové války), nebyla zničena výpravní budova s poukazem, že dle předloženého rozkazu má být zničeno pouze vše státní a ve zmíněné budově jsou tři soukromé byty. Stanice byla osvobozena rumunskými jednotkami dne 28. dubna v půl druhé odpoledne.
Do prostor stanice ve Velkých Pavlovicích vstoupila Rudá armáda dne 15. dubna v 17 hodin a 15 minut. Během osvobozovacích bojů byla poškozena i stanice. Výpravní budovu zasáhly dva dělostřelecké granáty, ostatní budovy tři a samotné kolejiště bylo poškozeno dalšími pěti zásahy.
Stanici Zaječí opustil německý personál na rozkaz velitelství SS až dne 15. dubna. Před opuštěním stanice vyhodili pomocí náloží veškeré zařízení v dopravní kanceláři, výměny, vodárnu, nakládací rampu a část staničních kolejí. První oddíly RA vstoupily poté do Zaječí v brzkých ranních hodinách 16. dubna.
První práce na obnově trati zahájila Rudá armáda za pomoci moravského personálu v Zaječí bezprostředně po obsazení stanice. Toto úsilí vedlo k tomu, že ve dnech 29. a 30. dubna mohly být v žst. Zaječí zahájeny zkušební jízdy.
Zatím co Rudá armáda stavěla provizorní mosty ve směru od Zaječí, podařilo se železničním zaměstnancům ve Velkých Pavlovicích opravit staniční budovu, poškozené skladiště, dílny a samotné kolejiště. Do „použitelného“ stavu byla stanice uvedena dne 4. května 1945. Téhož dne byl i obnoven nouzový provoz, který sloužil k přepravě dělníků pracujících na opravě trati ve směru na Zaječí. První pracovní vlak určený k opravě trati ve směru na Čejč, dojel do Mutěnic dne 5. 5. 1945 ve čtyři hodiny a patnáct minut.
Vlakem 3505 byl dne 11. května 1945 zahájen částečný provoz na trati Mutěnice – Zaječí. Obslužnost zajišťoval stroj „kunevald“ z cukrovaru ve Velkých Pavlovicích. Vzhledem k velkému poškození trati ve směru z Mutěnic na Hodonín, byl prvním vlakem v tomto směru vlak 3509, který byl z Mutěnic vypraven 18. 5. 1945 v 18 hodin, 45 minut. Tento vlak ale jel pouze ke vjezdovému návěstidlu žst. Hodonín. Další jízdu neumožnilo zcela zničené vjezdové zhlaví i samotné kolejiště v Hodoníně.
Na trati Čejč – Ždánice byl částečný provoz v úseku Čejč – Klobouky u Brna zahájen 1 Května. Dalšímu rozšíření provozu bránil ruský nemocniční vlak, který byl v Kloboukách dislokován. Teprve po jeho odsunu mohl být 20. května provoz na trati prodloužen až k poškozenému můstku zastávky Dražůvky.
Řádný pravidelný provoz na trati Hodonín – Zaječí byl zahájen až 3. 12. 1945. Tímto datem byla zároveň trať pro osobní dopravu motorizována. Zároveň bylo k tomuto dni zahájeno tak zvanou Slováckou Střelou přímé spojení motorovým rychlovlakem mezi Hodonínem a Brnem, přes Zaječí tam i zpět, bez přesedání. Ve směru Hodonín – Brno to byl vlak č. 3521 s odjezdem z Čejče v 6 hodin, 2 minuty. Ve směru Brno – Hodonín to byl vlak č. 3522 s příjezdem do Čejče v 16 hodin.